يعرض الموسم الثالث مايكل في سجن سونا ولينكون خارج السجن في باناما. سونا هو سجن يديره السجناء من الداخل، ويشرف عليه الحراس من الخارج منذ أن قام السجناء بأعمال شغب قبل سنة من دخول مايكل. سرعان ما تتصلجريتشين مورغان (عميلة الشركة في باناما) بلينكون لتبلغه أنهم يحتجزون ابنه إل جي (مارشال ألمان) وحبيبة مايكل سارا تانكريدي (سارة وين كوليز) وتخبره أن الشركة تريد من سكوفيلد أن يخرج جيمس ويسلر (شيرز فانس) من سونا. يعرض الموسم محاولات مايكل وويسلر للهرب، وفيه يواجه مايكل صعوبة بالغة في الهرب من السجن ويتعامل لينكون مع عميلة الشركة جريتشين. يحصل سوكري على عمل في السجن ليساعد مايكل في خطة هربه. عندما حاول لينكون إنقاذ سارا وإل جي مُسترشدا بعبارة ذكرتها سارا أثناء مهاتفتها لمايكل، فادعت جريتشين أنها قتلت سارا وأرسلت رأسًا إلى لينكون في صندوق. في نهاية الموسم تمكن الإثنان من الهرب ومعهم ماهون، وتركوا ليشرو وتي-باغ وبيليك لتعتقلهم السلطات. يتعرف أحد حراس السجن على هوية سوكري فيأمر بسجنه في سونا بمجرد أن هربوا. يُقايَض ويسلر بإل جي وصوفيا (حييبة ويسلر التي اعتقلتها الشركة خوفا من أن يهرب ويسلر معها)، ويعزم مايكل رد ثأره من جريتشين على مقتل سارا.