القصة تدور حول مجموعة غامضة من النينجا يدعون السورا من دولة السماء يشنون هجوما مفاجئًا على قرية الورق لأجل الانتقام – بسبب تدمير الورق لدولة السماء تقريبًا أثناء حرب النينجا العظمى الثانية. في الوقت نفسه، ناروتو وساكورا وهيناتا قد أُرسلوا لمساعدة قرية صبي. يرافقون أكامارو والطبيب شينو إلى القرية. وفي الوقت نفسه في كونوها، ينسحب نينجا السورا بسبب دعم التشاكرا المتناقص. ترسل تسونادي فريق خاص آخر يتكون من كاكاشي وشيكامارو وساي وشينو ليبحثوا عن قاعدتهم. لاحقًا، ينجح ساي وشينو في تدمير السفن التي يتمركز فيها نينجا السماء وبالتالي يتحقق النصر لكونوها